Manuela Morgenstern wuchs mit ihren drei Brüdern und ihren Eltern in Kleinmachnow (Brandenburg) und Mirow (Mecklenburg) auf. Die Eltern waren Lehrer an der POS Mirow, die Kinder gingen ebenfalls auf diese Schule. Manuela Morgenstern war eine sehr gute Schülerin, war FDJ-Sekretärin ihrer Klasse und außerschulisch im Leistungszentrum Leichtathletik sportlich aktiv. Im Sommer 1972 wurde sie 17 Jahre alt und hatte die 10. Klasse als Klassenbeste abgeschlossen. Ein Ausbildungsvertrag zum Baufacharbeiter mit Abitur war bereits unterschrieben, anschließend wollte Manuela Morgenstern Architektur studieren. Reibungspunkte mit dem Gesellschaftssystem der DDR gab es wenige - sie selbst sagt, sei eine gute Mitschwimmerin gewesen, teilweise auch aus Angst, sie könnte ihrer Familie oder sich selbst durch Systemkritik Schaden zufügen.
Der Sommer 1972 veränderte ihr Leben grundlegend. Mit ihren Eltern, den beiden jüngeren Brüdern und Verwandten wollte sie das erste Mal in den Urlaub fahren - ans Schwarze Meer in Bulgarien. Auf der Fahrt teilten ihr die Eltern mit, dass sie die DDR mit der Hilfe einer Schleusergruppe verlassen wollen. Manuela Morgenstern entschied sich mit ihnen gemeinsam den Fluchtversuch zu wagen. Insgesamt 9 Personen sollten die Fluchthelfer über die Grenze bringen. Nach Problemen in Bulgarien, entschieden sich die Fluchthelfer für die Transitstrecke, um die 4 Kinder, 3 Frauen und 2 Männer in die BRD zu bringen. Fast allen glückte die Flucht- aber Manuela Morgenstern und ihr Vater wurde im Kofferraum entdeckt und ihr Onkel wurde wenig später in seinem Versteck verhaftet. Nach ihrer Verhaftung war Manuela Morgenstern zunächst wenige Tage in der U-Haft der Staatssicherheit in Schwerin untergebracht, bevor sie für mehrere Monate nach Hohenschönhausen kam. Am 18.12.1972 wurde sie zu 15 Monaten Gefängnis verurteilt.